あなたが近い内に一戸建てを購入するときに、
銀行のローンの諸費用欄に登録免許税（4/1000）という項目に気づかれたと思います。
それと、不動産会社の書類に登記費用（建物表示、保存、土地移転、抵当権設定と
書かれてたのですが・・・。）という項目があったと思います。
これについて、銀行の登録免許税と不動産会社や住宅会社の登記費用は別物なのか？
という疑問が湧きませんか？
これは、不動産会社や住宅会社に委託する登記は、所有権保存登記です
銀行（ローン関係）が行うのは、ローンの金銭貸借に関する抵当権設定登記です
それぞれ、別のことに関する登記になるからです。
ですから、登記費用と登録免許税は別と考えてくださいね。
登記費用は、一般には、登記に要する書類を集め・作成し、
登記手続きを司法書士等が代行する費用です。
（代行する人・事務所により金額はまちまちですが）
登録免許税はその登記を行うために納めなければならない税金
（登記の種類、価格・評価額で異なりますが対象が同じならば金額は同じ）
登記費用の中に登録免許税が含まれている場合もありますから、
確認が必要です
明細をよく確認し、疑問があったら遠慮なく確認するのがいいでしょう。
ただし、あなたもある程度の基本的な知識は勉強してくださいね。
でも、不動産会社や住宅会社の登記費用の明細を信じていいと思います。
どこの不動産会社や住宅会社もトラブル防止のために幾分多めの
登記費用の説明をしているので、追加加算は考えられません。
住宅を建設するには
*その土地に住宅を建てることが可能か、申請し許可を受けることが必要か
地盤は安定しているか、敷地の周囲との関係は、道路はなどの問題を確認します。
*住宅建設の許可申請
*住宅建設の契約に関すること
*諸行事（地鎮祭、上棟、新築祝い等）
*住宅に関すること(間取り、日照等）
*費用に関すること（ローン等）
*税金に関すること
*登記に関すること
等があります
それが、相互に関連していることもあります
計画してから、ローンを払い終えるまでに行う必要があることを
調べておくことが良いと思います。
余談ですが、一戸建てということはすでに建物の表示登記は完了しており、
あなたの購入時には、建物の所有権保存・土地の所有権移転登記・
抵当権設定しています。
ちなみに、銀行の登録免許税は抵当権設定費用⇔債権額（借りる額）×0.4％ですが、
・自分が住む
・床面積50m2以上
・専用住宅証明書がある事で0.1％になる事が可能です。
司法書士への報酬額はおよそ4万円位。銀行と不動産会社の登記費用は別です。
表示登記は床面積により費用が変わりますがおよそは13万円ぐらいで、
保存登記は建物の床面積に55.000円を掛けて0.15％で算出します。
司法書士報酬は約3万円ぐらいです。
土地の移転登記代は固定資産税評価額に1％を掛けて算出し、
司法書士への報酬は約4万円ぐらいになります。
尚、表示登記の手続きは家屋調査士の範囲内です。
司法書士と連携して行っています。
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